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全院设有畜牧兽医、作物与核技术利用、植物保护与微生物、农村发展、蔬菜（含农业新品种引进中心）、蚕桑、农产品质量标准、环境资源与土壤肥料、园艺、病毒学与生物技术、食品科学、数字农业、农业装备、水生生物、园林植物与花卉、玉米、柑桔、亚热带作物等18个专业研究所和浙江农科实业集团有限公司等院属企业。